Trước vòng đấu cuối, 4 đội bóng thuộc bảng A có cùng 2 điểm và đều nắm trong tay quyền tự quyết. Vì thế, kết quả 2 trận ĐH Khoa học Tự nhiên – ĐH Tôn Đức Thắng và ĐH Bách khoa – ĐH Văn Hiến sẽ xác định 2 suấn trực tiếp của bảng vào bán kết. Để đảm bảo tính công bằng, hai trận đấu diễn ra cùng giờ trên sân Dĩ An và Gò Đậu (đều ở Bình Dương).
ĐH Khoa học Tự nhiên khởi đầu rất tốt với việc dẫn ĐH Tôn Đức Thắng 2-0 chi sau 20 phút thi đấu. Phi Khanh và K’Công là 2 người ghi bàn cho đội bóng của huấn luyện viên Cao Tùng A Vỹ. Những phút sau đó, ĐH Tôn Đức Thắng của bầu Thắng ào lên tấn công tìm bàn gỡ và tạo ra nhiểu cơ hội, nhưng đều không tận dụng được. Đến phút 29, K’Công hoàn tất cú đúp với siêu phẩm bên ngoài vòng cấm. Chung cuộc, ĐH Khoa học Tự nhiên thắng đối thủ 3-0 để vào bán kết.
Ở trận đấu còn lại, ĐH Bách Khoa đã ngược dòng thắng ĐH Văn Hiến 2-1. Đội bóng của huấn luyện viên Huỳnh Hồng Sơn bị dẫn trước ngay phút thứ 2. Tuy nhiên sang hiệp 2, họ đã chơi bình tĩnh để có được 2 bàn thắng, qua đó ấn định chiến thắng 2-1 đồng thời giành suất vào bán kết.
Đến nay, Giải bóng đá sinh viên Đại học Quốc gia TPHCM mở rộng (SV-League) 2020 đã xác định đã được 3 đội vào bán kết gồm ĐH Nông Lâm, ĐH Khoa học Tự nhiên và ĐH Bách Khoa. Tấm vé cuối cùng sẽ có sau lượt trận cuối của bảng B diễn ra chiều 2.12.
