Theo đại diện bến xe Miền Đông mới, lộ trình của xe buýt miễn phí là từ bến cũ ra bến mới và ngược lại. Khi đến bến mới sẽ trả khách trước sảnh và tiếp tục chạy xuống hầm xe đón khách từ bến mới trở về địa điểm bến cũ.
Thời gian hoạt động xe buýt miễn phí tại bến xe Miền Đông mới: 4h30; 7h; 9h; 12h; 16h; 18h.
Ngoài xe buýt miễn phí, hành khách có thể đi các tuyến xe buýt trợ giá khác với giá vé 7.000 đồng/lượt có điểm đầu và điểm cuối tại bến mới. Cụ thể là tuyến 55 (Công viên phần mềm Quang Trung - Khu Công nghệ cao - BXMĐ mới), tuyến 56 (Bến xe Chợ Lớn - ĐH GTVT (TP. Thủ Đức) - BXMĐ mới); tuyến 76 (Long Phước - Suối Tiên - BXMĐ mới); tuyến 93 (Bến Thành - BXMĐ mới)
5 tuyến xe buýt không trợ giá có lộ trình đi ngang qua Bến xe Miền Đông mới (trục đường quốc lộ 1), giá vé từ 10.000 – 20.000 đồng/lượt tùy chặng.
Tuyến xe buýt số 150: Bến xe buýt Chợ Lớn - Ngã ba Tân Vạn. Kết nối chiều đi từ Bến xe Chợ Lớn đến Bến xe Miền Đông mới.
Tuyến xe buýt không trợ giá số 60-1: Bến xe Miền Tây - Bến xe Biên Hòa.
Tuyến xe buýt không trợ giá số 60-2: Đại học Nông Lâm - Bến xe Phú Túc.
Tuyến xe buýt không trợ giá số 60-3: Bến xe Miền Đông - KCN Nhơn Trạch.
Tuyến xe buýt không trợ giá số 60-4: Bến xe Miền Đông - KCN Sông Mây.
