Nguyên liệu chính của NMPQ là cá cơm sọc tiêu - loài cá đặc hữu của vùng biển Phú Quốc, có thân to, nhiều thịt và ruột nhỏ có vị béo độc đáo, mùi vị đặc trưng nhất trong họ hàng nhà cá cơm. Sau khi rửa sạch bằng nước biển, cá được ủ chượp ngay tại ghe trước khi chở về tới nhà thùng theo tỷ lệ: 3 phần cá – 1 phần muối và tuyệt đối không được bỏ thêm bất cứ hóa chất nào. Cách làm này đảm bảo vừa giữ được độ ngọt của cá, vừa tận dụng được độ tươi của cá để tạo ra sự đậm đà của màu nước mắm. Vì vậy NMPQ luôn có màu tự nhiên của sắc “vàng cánh gián” và sẽ lên màu mật sóng sánh dưới ánh mặt trời sau 12 - 18 tháng ủ chượp. Tuy nhiên, NMPQ chỉ thực sự phát huy mùi - màu khi và chỉ khi được ủ chượp trong thùng gỗ được làm từ một vài loài cây đặc thù trên đảo, như trai, dên dên, quỷnh...
Gần đây, vận dụng tiến bộ khoa học, nhiều nhà thùng ở Phú Quốc còn thành lập phòng kiểm soát tại chỗ với việc trang bị thiết bị kiểm soát chất lượng, an toàn vệ sinh thực phẩm trước khi đưa ra thị trường. Vì vậy từ chỗ sản xuất sử dụng trong gia đình, trong xóm, chinh phục người tiêu dùng trong nước bởi vị ngọt đậm đà, beo béo, màu sắc bắt mắt và hương thơm đặc thù..., NMPQ còn “đốn gục” trái tim khách Tây bởi chất lượng, sự an toàn. Hiện Phú Quốc có hơn 80 doanh nghiệp sản xuất nước mắm, hàng năm cung cấp cho thị trường hơn 30 triệu lít, doanh số trên 600 tỷ đồng, giải quyết việc làm cho hàng ngàn lao động tại chỗ và nhiều lao động ở nhiều nơi thông qua việc lưu thông, phân phối và quan trọng hơn góp phần đa dạng hóa sản phẩm du lịch cho “Thiên đường nghỉ dưỡng” Phú Quốc.
Vì vậy, tháng 12.2012, NMPQ là sản phẩm đầu tiên của Việt Nam đạt Chỉ dẫn địa lý, được khối Liên minh Châu Âu công nhận và ngày 18.8.2017, MNPQ được công nhận “Nghề truyền thống” và “Làng nghề truyền thống”.
