Căn cứ theo tiểu mục 1 Mục II Thông tư 09/2005/TT-BNV quy định về mức phụ cấp và cách tính trả như sau:
1. Mức phụ cấp:
a) Phụ cấp đặc biệt được tính bằng tỉ lệ % so với mức lương hiện hưởng cộng với phụ cấp chức vụ lãnh đạo và phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có) hoặc phụ cấp quân hàm hiện hưởng đối với hạ sĩ quan, chiến sĩ thuộc lực lượng vũ trang.
b) Phụ cấp gồm 3 mức: 30%; 50% và 100% áp dụng đối với các đối tượng quy định tại mục I Thông tư này làm việc ở địa bàn được quy định trong phụ lục ban hành kèm theo Thông tư này.
Ví dụ: Ông Vũ Văn A, Trung uý công an nhân dân Việt Nam, có hệ số lương hiện hưởng là 4,60, mức lương thực hiện từ ngày 1.10.2004 là 1.334.000 đồng/tháng; công tác ở địa bàn được áp dụng mức phụ cấp đặc biệt 50%, thì hàng tháng được hưởng phụ cấp đặc biệt là:
1.334.000 đồng/tháng x 50% = 667.000 đồng/tháng.
Ví dụ 2: Bà Nguyễn Thị B, chuyên viên đang xếp lương bậc 3, hệ số lương hiện hưởng là 3,00, mức lương thực hiện từ ngày 1.10.2004 là 870.000 đồng/tháng; làm việc ở địa bàn được áp dụng mức phụ cấp đặc biệt 30%, thì hàng tháng được hưởng phụ cấp đặc biệt là:
870.000 đồng/tháng x 30% = 261.000 đồng/tháng.
Ví dụ 3: Ông Trần Đăng C, Trung sĩ quân đội nhân dân Việt Nam, có hệ số phụ cấp quân hàm hiện hưởng là 0,60, mức phụ cấp quân hàm thực hiện từ ngày 1.10.2004 là 174.000 đồng /tháng; đóng quân ở địa bàn được áp dụng mức phụ cấp đặc biệt 100%, thì hàng tháng được hưởng phụ cấp đặc biệt là:
174.000 đồng/tháng x 100% = 174.000 đồng/tháng.
Theo đó, phụ cấp đặc biệt được tính bằng tỉ lệ % so với mức lương hiện hưởng cộng với phụ cấp chức vụ lãnh đạo và phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có) hoặc phụ cấp quân hàm hiện hưởng đối với hạ sĩ quan, chiến sĩ thuộc lực lượng vũ trang.