Nếu như tình trạng của bé Sinh - cô bé bị chính bố ruột và mẹ ghẻ bạo hành nhiều năm được giải quyết, tình trạng sức khoẻ của bé được cải thiện nhiều thì ở hai tập 17 và tập 18 của "Bác sĩ hạnh phúc" lại xuất hiện thêm một ca bệnh nhi khác cũng khiến đội ngũ bác sĩ Khoa Ngoại Nhi đau đầu không kém.
Là một ca sĩ nhí được nhiều người hâm mộ, con đường xán lạn của bé Thiên đang bắt đầu mở ra một thời kỳ mới khi nhận được lời mời biểu diễn tại một chương trình âm nhạc lớn tại nước ngoài. Tuy nhiên, khi gần đến ngày biểu diễn, bé Thiên lại phải nhập viện và phát hiện ra căn bệnh phức tạp làm ảnh hưởng đến thanh quản của bé. Điều này, đòi hỏi đội ngũ y bác sĩ bệnh viện Hạnh Phúc phải gấp rút phẫu thuật nếu không sẽ gặp nguy hiểm.
Tuy nhiên, là một bà mẹ muốn những gì tốt nhất cho con, nhưng mẹ bé Thiên không quan tâm, lắng nghe những gì con chia sẻ nên không chấp nhận tiến hành phẫu thuật chỉ vì sợ lở biểu diễn đang đến gần. Mặc cho lời khuyên ngăn, thuyết phục từ bác sĩ Đỗ Hoàng (Lâm Thanh Nhã), bác sĩ Trà Mi (Khả Ngân) hay những lời lên án của bác sĩ Hoàng Nam (Trần Phong).
Chính sự bảo thủ của người mẹ đã khiến cho đội ngũ y bác sĩ bệnh viện Hạnh Phúc khó tiếp cận trong phương thức chữa bệnh cho bé Thiên và cũng đã dẫn đến các hệ luỵ khác. Đỉnh điểm, với màn bất đồng quan điểm giữa bác sĩ Hoàng Nam và mẹ bé Thiên đã khiến cả bệnh viện rùm beng, cậu bé thậm chí tìm đến cái chết để giải thoát cho bản thân khi sống một cuộc sống mà mình không muốn.
Đồng cảm với những gì mà bé Thiên đang đối mặt, cũng từng bị chỉ trích xem thường bởi sự ngốc nghếch, ngờ nghệch của mình, bác sĩ Hoàng Nam đã một lần nữa thuyết phục và cứu sống bé Thiên khi cậu bé đứng bên bờ vực ranh giới giữa cái chết và sự sống.
Bên cạnh việc tìm ra những cá nhân làm trái với quy định, trái lương tâm của một người làm trong ngành thì những âm mưu, những cá nhân trong tối ngày một được lôi ra ánh sáng. Song song đó, cũng chính những âm mưu với mục đích cải cách bệnh viện Hạnh Phúc đi theo một phương thức mới khiến Giáo sư Phúc (Tùng Yuki) đứng trước nguy cơ rời khỏi bệnh viện.
Cũng chính vì sự cải cách, thay đổi của các thế lực ‘núp bóng’ trong bệnh viện Hạnh Phúc, bác sĩ Đỗ Hoàng (Lâm Thanh Nhã) cũng đã có những quyết định thay đổi nhân sự trong khoa Ngoại Nhi khi chuyển bác sĩ Hoàng Nam (Trần Phong) sang khoa Nội Nhi.
