Diễn biến phức tạp của dịch COVID-19 đưa VBA 2021 vào kịch bản chưa từng có trong lịch sử. Sau lần hoãn đầu tiên, ban tổ chức quyết định đưa giải đấu đến Nha Trang (tỉnh Khánh Hoà) và tổ chức theo mô hình "tập trung cách ly". Các cầu thủ, ban huấn luyện và những người tham gia giải đấu đều bị kiểm soát chặt chẽ. Đây cũng là mô hình tương tự vòng loại thứ 2 World Cup 2022 mà đội tuyển bóng đá nam Việt Nam vừa tham gia.
VBA nhận sự hỗ trợ đầu tiên từ Trung tâm Kiểm soát Bệnh tật tỉnh Khánh Hòa (CDC Khánh Hòa). Với các trường hợp cần mẫu xét nghiệm nhanh trong ngày để phục vụ công tác chuyên môn, CDC tỉnh Khánh Hòa luôn tạo điều kiện lấy mẫu sớm và trả kết quả nhanh trong vòng 12 giờ. Ngoài ra, mọi chi phí xét nghiệm của đoàn VBA đều được CDC Khánh Hòa hỗ trợ.
Các cầu thủ, ban huấn luyện và những người điều hành VBA được tạo điều kiện tối đa ở nơi đóng quân theo mô hình "tập trung cách ly". Bên cạnh những người trực tiếp tham gia VBA 2021, bộ phận truyền thông phải tuân thủ nghiêm ngặt giãn cách, hạn chế tiếp xúc khu vực thi đấu, và không tiếp xúc cộng đồng.
Bên cạnh CDC Khánh Hoà, VBA nhận thêm hỗ trợ từ nhà thi đấu Đại học Nha Trang - nơi tổ chức toàn bộ trận đấu của mùa 2021. Đại học Nha Trang đồng ý cho VBA mượn nhà thi đấu đa năng, đồng thời tạo điều kiện tối đa để ban tổ chức nâng cấp mặt sân và cơ sở hạ tầng, đạt đủ điều kiện để tổ chức các trận bóng rổ đỉnh cao.
Theo kế hoạch ban đầu, VBA 2021 diễn ra từ tháng 6, chia làm 2 chặng ở TPHCM và Hà Nội. 8 đội đóng quân, thi đấu tập trung để đáp ứng yêu cầu trong tình hình dịch bệnh. Sau đó, đợt dịch bùng phát ở TPHCM, VBA chuyển hướng, đưa giải đấu đến Nha Trang để tránh ảnh hưởng của dịch COVID-19.
