Nhằm quản lý và bảo vệ các giá trị của di sản cũng như nâng cao hiệu quả công tác bảo tồn, phát huy giá trị di sản văn hóa và thiên nhiên thế giới Quần thể danh thắng Tràng An, UBND tỉnh Ninh Bình yêu cầu các sở, ban, ngành, UBND các huyện, thành phố nằm trong phạm vi di sản thực hiện một số nhiệm vụ trọng điểm như:
Tăng cường công tác tuyên truyền, thực hiện nghiêm Quyết định số 230/QĐ-TTg ngày 04/02/2016 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt Quy hoạch chung xây dựng Quần thể danh thắng Tràng An.

Bên cạnh đó, Sở Du lịch phối hợp với UBND các huyện, thành phố, các đơn vị liên quan thực hiện đầy đủ công tác kiểm tra, phát hiện, ngăn chặn các hoạt động vi phạm trật tự xây dựng, quản lý, sử dụng đất đai và kinh doanh dịch vụ lưu trú du lịch.
Phối hợp với các sở, ngành, chính quyền địa phương trong phạm vi di sản nghiên cứu đề xuất lập Quy hoạch tổng thể bảo tồn di sản, báo cáo UBND tỉnh, Bộ VHTTDL xem xét, trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt để phù hợp với tình hình phát triển kinh tế - xã hội và phát triển du lịch tại địa phương. Đồng thời, tổ chức thanh tra, kiểm tra định kỳ hoạt động kinh doanh dịch vụ lưu trú du lịch trong phạm vi di sản.
Sở Văn hóa và Thể thao cần phối hợp các cơ quan, đơn vị liên quan thực hiện tốt chức năng quản lý Nhà nước đối với các hoạt động quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị di sản; Phối hợp với các ngành liên quan thẩm định dự án cải tạo, xây dựng các công trình nằm ngoài khu vực bảo vệ di tích có khả năng ảnh hưởng đến cảnh quan môi trường của các di tích trong khu di sản; Tổ chức thanh tra, kiểm tra và xử lý những hành vi xâm hại di tích và các hành vi vi phạm liên quan đến hoạt động quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị di sản.
Bên cạnh đó, UBND tỉnh Ninh Bình cũng chỉ đạo UBND các xã, phường tăng cường công tác quản lý sử dụng đất, thường xuyên kiểm tra, thanh tra các hoạt động đầu tư xây dựng trên địa bàn; Xử lý dứt điểm theo thẩm quyền đối với các vi phạm trong quản lý, sử dụng đất, trật tự xây dựng và kinh doanh dịch vụ lưu trú.