Rạng sáng 2.10, câu lạc bộ Slovan Liberec chạm trán APOEL ở vòng play-off Europa League. Đối thủ của Filip Nguyễn và các đồng đội là đội bóng quen mặt tại các đấu trường Châu Âu.
Với kinh nghiệm vượt trội, APOEL liên tục uy hiếp khung thành đội chủ nhà. Xuyên suốt trận đấu, thủ môn gốc Việt - Filip Nguyễn có không ít tình huống cản phá xuất thần, hoá giải nhiều đường tấn công nguy hiểm bên phía đội khách.
Bất ngờ xảy ra ở những phút bù giờ cuối cùng, Slovan Liberec được hưởng quả phạt 11m. Trên chấm phạt đền, Kamso Mara không mắc sai lầm ghi "bàn thắng vàng" cho đại diện CH Czech.
Với chiến thắng trước APOEL, Slovan Liberec đã ghi danh vào vòng bảng Europa League mùa giải 2020/2021. Cá nhân thủ môn Filip Nguyễn có lần đầu tiên tham dự đấu trường danh giá Châu Âu.

Trước đó hồi đầu tháng 9, Filip Nguyễn từng được triệu tập lên đội tuyển CH Czech chuẩn bị cho các trận đấu thuộc khuôn khổ Nations League. Tuy nhiên, thủ môn gốc Việt đã chủ động xin huấn luyện viên không điền tên mình vào đội hình ra sân để giữ lại cơ hội lên tuyển Việt Nam.