Theo đó, trong số 11 bến thủy được đầu tư xây dựng, có 6 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 1 gồm: Bình An, Thảo Điền (Quận 2), Tầm Vu, Thanh Đa (quận Bình Thạnh), Hiệp Bình Chánh, Linh Đông (quận Thủ Đức); 5 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 2 gồm: cầu Chữ Y (Quận 5), Bình Tây, Lò Gốm (Quận 6), Bình Đông, chùa Long Hoa (Quận 8).
Đồng thời, cơ quan quản lý sẽ tiếp tục thống nhất vị trí, diện tích, pháp lý đối với 7 bến còn lại; trong đó có 2 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 1 gồm: Sài Gòn Pearl (quận Bình Thạnh), Bến Trung tâm Bình Triệu (quận Thủ Đức); 5 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 2 gồm: Nguyễn Thái Bình, Calmetter (Quận 1), chợ Hòa Bình, Nguyễn Tri Phương (Quận 5), Khánh Hội (Quận 4).
UBND TPHCM cũng chấp thuận chủ trương cho Sở Giao thông vận tải đề xuất vị trí mới thay thế vị trí các bến không còn phù hợp; mở rộng diện tích các bến hiện hữu phù hợp quy hoạch chức năng bến bãi, phát triển thành các điểm dừng chân, dịch vụ đô thị, du lịch ven sông; bổ sung bến trung tâm của tuyến số 2 tại Quận 4 để thay thế cho phần diện tích đã giảm của bến Nguyễn Tri Phương do ảnh hưởng bởi nhánh cầu dẫn Nguyễn Tri Phương.
Đồng thời, thành phố giao UBND các quận, huyện rà soát quy hoạch các bến thuộc địa bàn; lấy ý kiến của Sở Xây dựng đối với các bến có quy hoạch xây dựng hiện hữu là đất công viên, cây xanh; đề xuất điều chỉnh cục bộ quy hoạch xây dựng tỷ lệ 1/2000 các bến này để đảm bảo phù hợp quy hoạch xây dựng bến thủy nội địa.
Sở Tài nguyên và Môi trường được giao rà soát nguồn gốc, cơ sở pháp lý và hiện trạng các khu đất dự kiến xây dựng các bến thủy nội địa; phân loại từng khu đất theo 2 trường hợp: giao đất, cho thuê đất theo Luật Đất đai hoặc sắp xếp, xử lý theo Nghị định 167/2017/NĐ-CP ngày 31/12/2017 của Chính phủ; báo cáo UBND TP trong tháng 11/2020.